FGU-institutionerne ledes af en selvstændig og uafhængig bestyrelse.
Bestyrelsen for FGU Sydøstjylland består af tolv repræsentanter. Bestyrelsens repræsentanter er udpeget af de fem kommuner, der dækker FGU Sydøstjyllands geografiske område, arbejdsgiver- og arbejdstager organisationer, de lokale erhvervsuddannelser samt af FGU institutionens medarbejdere.
Bestyrelsens repræsentanter udpeges i deres personlige egenskab og skal tilsammen have erfaring fra relevante ungdomsuddannelser og arbejdsmarkedet for ufaglært beskæftigelse samt med uddannelsesudvikling, kvalitetssikring, ledelse, organisation og økonomi, herunder vurdering af budgetter og regnskaber.
Som bestyrelse for en selvejende institution er det medlemmernes opgave at varetage og repræsentere institutionens interesse.
Det er bestyrelsen, som bærer ansvaret for institutionens overordnede ledelse. Den er blandt andet ansvarlig for institutionens drift, institutionens økonomi og forvaltning af de statslige tilskud, fastsættelse af den overordnede strategi for institutionen samt ansættelse og afskedigelse af institutionens ledelse.
Bestyrelsen udpeger sin formand blandt bestyrelsens udefrakommende medlemmer. Bestyrelsen fastsætter selv sin vedtægt og forretningsorden for institutionens ledelse og virke – inden for de rammer ministeriet har fastsat.
